Kapitänleutnant Günther Prien gilt zu Beginn des Krieges als einer der fähigsten deutschen U-Boot-Kommandanten. Er wird deshalb vom Befehlshaber der U-Boote, Karl Dönitz, zu einer besonderen Mission ausgewählt: Er soll in den schwer bewachten britischen Flottenstützpunkt Scapa Flow eindringen und dort größtmöglichen Schaden anrichten. Prien bewältigt diese Aufgabe und wird von der deutschen Propaganda als Held gefeiert.
Gleichzeitig erinnert sich der Pfarrer Kille, der vom Nazi-Regime Verfolgten Unterschlupf gewährt, an seine gemeinsame Schulzeit mit Prien. In der Hoffnung, er könne mit Prien einen Kriegshelden als prominenten Unterstützer gewinnen, spricht er ihn auf sein Anliegen an und bittet um Hilfe. Prien lehnt jedoch das Ansinnen mit der Begründung, er sei Soldat und habe sich aus der Politik herauszuhalten, kategorisch ab. Auch der Versuch von Killes Schwester Alwine, über ihren Verlobten Birkeneck, der als Erster Offizier bei Prien fährt, etwas zu erreichen, schlägt fehl.
Mit zunehmender Dauer und Härte des Krieges erwachen jedoch in Prien Zweifel, ob seine Einstellung die richtige sei. Ein besonders einschneidendes Erlebnis widerfährt der Besatzung von U 47, als zwei aus dem Atlantik geborgene Schiffbrüchige eines versenkten Frachters sich als deutsche Flüchtlinge herausstellen und den Tod im Wasser der Aussicht, nach Deutschland zurückkehren zu müssen, vorziehen.
Schließlich erkennt Prien – auch nachdem er mit Birkeneck gesprochen hat –, dass er in seiner hervorgehobenen Position etwas bewirken könne, und sucht den mittlerweile inhaftierten Pfarrer Kille in dessen Zelle auf. Er verspricht ihm seine Hilfe, nicht ahnend, dass das Gespräch der beiden mitgehört wird. Damit gerät auch Prien ins Visier der Gestapo.
Doch für Prien bleibt dieser Besuch bei Kille ohne Folgen: U 47 wird auf der darauf folgenden Feindfahrt versenkt. Er selbst und der Smut werden von einem britischen Frachter gerettet, der dann aber seinerseits von einem deutschen U-Boot torpediert wird. Dessen Kommandant ist Birkeneck, der seine erste Feindfahrt als Kapitän absolviert. Als Priens Mütze aus dem Wasser gefischt wird, erkennt er, was geschehen ist, und verzögert unter Schock den rechtzeitigen Tauchbefehl: Birkenecks Boot wird von angreifenden Flugzeugen bombardiert und versenkt.
